8 грудня 2021 року Медіарух звернувся до керівництва НСЖУ з закликом провести аудит членства та зробити його прозорим, аби було зрозуміло, хто у спілці через свою професію, а хто — задля права володіння травматичною зброєю або ще якихось уявних «переваг». Приводом для звернення стали численні випадки, коли осередки НСЖУ видавали посвідчення журналіста людям, які не мають нічого спільного з журналістикою. 

Керівництво НСЖУ не відреагувала належним чином на заяву Медіаруху. Небажання провести прозорий аудит членства, який би засвідчив справжню, а не вигадану, кількість членів Спілки, тільки додав би довіри до організації. 

Не всі члени НСЖУ згодні із заявами голови Сергія Томіленка. У Спілці не існує механізму щодо обговорення і голосування заяв, які поширює Сергій Томіленко в Україні та закордоном. 

Приміром, Томіленко у 2021 році виступив із заявою проти блокування проросійських каналів Медведчука. Президент Володимир Зеленський ввів у дію рішення РНБОУ від 2 лютого 2021 року «Про застосування персональних спеціальних економічних та інших обмежувальних заходів (санкцій)». Воно передбачає запровадження санкцій проти народного депутата України Тараса Козака та компаній, які володіють ліцензіями телеканалів «групи Медведчука» — «112 Україна», NewsOne і ZIK. Санкції запроваджені на п’ять років. Сергій Томіленко назвав ці санкції «наступом на свободу слова».

5 лютого 2021 року правління Київської організації Національної спілки журналістів України виступило із заявою, у якій підтримало блокування  «каналів Медведчука». Голови Волинської, Львівської, Рівненської, Херсонської, Івано-Франківської, Миколаївської, Харківської, Хмельницької, Тернопільської, Житомирської, Чернігівської організацій НСЖУ також заявили, що не поділяють думки Сергія Томіленка. Вони вказали, що це його приватна точку зору і він не має права представляти її як позицію всієї української журналістської спільноти.

Згодом голова Національної спілки журналістів України Сергій Томіленко визнав, що критика рішення РНБО про запровадження санкцій проти телеканалів «112 Україна», ZIK і NewsOne – це його «персональна позиція як керівника великого журналістського об’єднання». Секретаріат НСЖУ заявив, що не захищає «канали Медведчука», а держава має право на захист інформаційного простору.

Раніше 16 березня 2018 року українські медійні організації заявили про недовіру керівництву НСЖУ та інформації, яку воно оприлюднює щодо стану свободи слова та стану українського медіаринку. Заяву підписали Інститут масової інформації, «Детектор медіа», Інститут демократії ім. Пилипа Орлика, Центр демократії та верховенства права, «Інтерньюз Україна», Могилянська школа журналістики, фундація «Суспільність» та асоціація «Спільний простір». «Протягом останнього року керівництво Національної спілки журналістів України здійснювало системне маніпулювання поняттями і подавало недостовірні дані про стан безпеки журналістів, про перебіг окремих медіареформ та про медіаринок у цілому, що не лише вводило в оману українську громадськість, але й дезінформувало міжнародну спільноту. Так, заявляючи про напади на журналістів, НСЖУ зараховує до їхнього числа своїх членів, які при цьому можуть й не займатися журналістською діяльністю. Прикладом може слугувати заява НСЖУ про напад на помічника директора порту «Чорноморськ», члена НСЖУ Володимира Букача. Заявляючи про «90 випадків фізичної агресії», зафіксованих у 2017 році, НСЖУ водночас мовчить про ще майже 100 випадків застосування фізичної агресії щодо реально працюючих журналістів, які також зафіксовані у 2017 році», - заявили представники українських медійних організацій.